Blankertz schloss 1994 sein Mathematikstudium an der Universität Münster mit Auszeichnung ab. 1997 promovierte er an der gleichen Universität unter der Betreuung von Wolfram Pohlers. Im Laufe seiner Postdoc-Zeit am Fraunhofer Institut für Rechnerarchitektur und Softwaretechnik (FIRST) in Berlin wurde er Leiter des Berlin Brain-Computer Interface Projektes. Seit 2007 ist Benjamin Blankertz wissenschaftlicher Mitarbeiter an der TU Berlin.